El \pagenumbering{roman} te lo numera en números romanos, lo cual en el índice y en el prólogo queda muy chulo, pero en el texto en sí es poco habitual verlo por ahí (aunque no sé si tiene que ver con tu problema). Sólo es una sugerencia, pero justo antes del primer \chapter{} lo pondría de nuevo en números "normales" y volviendo a contar desde 1.
Código:
\pagenumbering{arabic}
\setcounter{page}{1}
Por otro lado, para que aparezca al inicio de cada pagina el titulo del capitulo en el que estás, quizá debieras usar los "fancyheaders", poniendo al principio
Código:
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}
y luego, si lo quieres poner a la izquierda en las pares por ejemplo, añade antes de \begin{document}
Código:
\fancyhead [LE] {\footnotesize \thechapter }
o también
Código:
\fancyhead[LE]{\leftmark}
ya que \leftmark en la clase book se refiere a los capítulos (\rightmark son las secciones) y la justificación es C="centered", R="right", L="left" y lo que indica la página es E="even" (par) y O="odd" (impar).
A partir de ahí de prueba a googlear con esas palabras clave...