Hola Fernando,
utiliza el segundo argumento opcional de \newtheorem para indicar que la numeración de los teoremas se reinicie en cada sección; es decir, usa algo del estilo
Código:
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amsthm}
\newtheorem{teor}{Teorema}[section]
\begin{document}
\section{Sec. Primera}
\begin{teor}
texto de prueba
\end{teor}
\begin{teor}
texto de prueba
\end{teor}
\section{Sec. Segunda}
\begin{teor}
texto de prueba
\end{teor}
\begin{teor}
texto de prueba
\end{teor}
\end{document}
Otra opción es usar el comando \numberwithin implementado por el paquete amsmath:
Código:
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
\newtheorem{teor}{Teorema}
\numberwithin{teor}{section}
\begin{document}
\section{Sec. Primera}
\begin{teor}
texto de prueba
\end{teor}
\begin{teor}
texto de prueba
\end{teor}
\section{Sec. Segunda}
\begin{teor}
texto de prueba
\end{teor}
\begin{teor}
texto de prueba
\end{teor}
\end{document}